Bij zijn terugkeer uit 'de west' zou Columbus koning Ferdinand en koningin Isabella in het Hiëronymitische klooster van Guadeloupe verslag hebben gedaan van zijn reis. In dit klooster hadden de vorsten hem in 1492 toestemming verleend voor de reis. Maar al wordt deze ontmoeting alom aangehaald, er geen bewijs voor deze ontmoeting, althans op deze locatie. Wel had hij tijdens zijn eerste reis monsters bij zich van cacao, rubber en van chilipepers. Het is het zeer aannemelijk dat de chilipeper inderdaad in 1493 in dit klooster terecht is gekomen, en in de kloostertuin is geplant. De eerste chilipeper in Europese bodem.
Men neemt aan dat Columbus bij terugkeer vanuit de haven van Palos eerst naar Sevilla en vervolgens naar Barcelona reisde voor een onmoeting met de vorsten, en daarna naar Guadeloupe afreisde. Na zijn tweede reis naar de west werd Columbus daarbij vergezeld door Diego Alvarez Chanca, een arts die hem op dee reis vergezelfde. Deze schreef tijdens de reis in 1494 over de geneeskrachtige eigenschappen van de chili.
De monniken (los Jerónimos) waren net als Diego Alvarez Chanca enthousiast over de eigenschappen van de chilipeper. Zij leefden een sober bestaan, neigend naar zelfvoorziening, waarbij zij hun eigen fruit en groenten produceerden, hun eigen brood en olie maakten, hun eigen habijten weefden en hun eigen medicijnen maakten.
Waarom de Jerónimos ? Vanaf het begin in de veertiende eeuw heeft de katholieke monarchie de deugden van deze kloosterorde gewaardeerd en haar met schenkingen en privileges begunstigd. De orde bezat alle belangrijke kloosters van Spanje zoals die van Santa María de Guadalupe en Yuste, in Extremadura, waar koning en koningin vaak verbleven. De overige kloosters waren die van San Pedro de La Ñora, in Murcia, Nuestra Señora de Fredesval, in Burgos; San Miguel de los Reyes in Valencia, Santa María de la Estrella in La Rioja en de Andalusische kloosters San Jerónimo de Valparaiso (Córdoba), San Jerónimo de Buenavista (Sevilla), San Isidor del Campo de Santinponce (Sevilla), San Jerónimo de Granada en vooral de Madrileense kloosters San Jerónimo de Madrid, die bij het paleis Buen Retiro is gevoegd, en San Lorenzo del Escorial.
De monniken in Guadeloupe namen de domesticatie van de chilipeper heel serieus. De plant moest niet alleen aarden in het klimaat van de Exrtremadura, hij moest ook gemalen kunnen worden. Zij slaagden daarin en zorgden bovendien voor de verspreiding van de chili naar andere kloosters van de orde in deze volgorde:
Simón Verde, een Florentijns koopman en vriend van de familie Columbus uit Sevilla schreef in 1537 al: " Het gebrek aan zout wordt goedgemaakt door een bepaald soort peper die in vele delen van Las Índias aji wordt genoemd , waarvan ik begrijp dat we in de meeste delen van Spanje al volledig op de hoogte zijn, [ . . ] het in vele delen van het land voorkomt".
Maar hoe zag die eerste peper eruit ? In 1535 beschreef Fernández de Oviedo deze als een vingerdikke chilipeper: ''El ají es la pimienta de los indios con granos o vainas tan grandes como un dedo de luengo egrueso". Maar hij beschrijft ook andere vormen: "Ají que echa granos o podas coloradosy redondo y redondo y tan gruesos como guindas"; "Ají que lleva granos verdes pero menores que losusodichos"; "Ají que echa los granillos verdes o muy pequeños"; "Ají que echa los granilleros pintados a un cabo de negro que tira a azul oscuro"; "Ají de generación que se puede comercocido e no quema". Deze laatste zou de Ají boniato of zoete chilipeper zijn. De andere werden gekwalificeerd als Caribes, hete pepers.
Deze beschrijving is daarom zo interessant omdat hij aan toont dat de vorm van de geïntroduceerde chilipeper niet eenduidig was. Deze had al voordat deze in Europa werd geïntroduceerd een intensief veredelingsproces door gemaakt.
Aanvankelijk waren de monniken minder geïnteresseerd in de chilivrucht als groente of smaakmaker. Het ging hen vooral om het poeder dat van de gedroogde vrucht gemaakt kon worden. Het doel was om er de plant te verbouwen om er het geneeskrachtig poeder van te maken. Het zou nog wel even duren voor de vrucht als zodanig als voedsel gebruikt zou worden.
De Hiëronymitische monniken zorgden zodoende voor de domesticatie en veredeling van de Spaanse chilipeper en de ontwikkeling van een in het Spaanse klimaat bruikbare droogtechniek. In de Extremadura werden de chilipepers in de buitenlucht gedroogd. In Murcia kon dat niet, mede vanwege de hoge luchtvochtigheid door de regelmatige overstromingen van de Rio Segura. Daar droogden de monniken de pepers handmatig, in gestookte binnenruimten, zoals in La Vera, bekend van zijn rokerige pimenton. Ook bouwden zij meelmolens om zodat daarin de chilipepers vermalen konden worden. Een voorbeeld daarvan is de beroemde watermolen aan het irrigatiekanaal van Aljufía, dat tegenwoordig naar de latere eigenaren Molino de los Casianos wordt genoemd.
De Spanjaarden kozen dus al snel voor de chilipeper, maar de Portugezen hielden vast aan 'hun' zwarte peper, omndat ze daar aanmerkelijke handelsbelangen in hadden. Ook zij namen chilipeper mee uit de Nieuwe Wereld, naar later bleek voornamelijk Capsimum frutescens en Capsicum chinense, op het oog niet te onderscheiden van de dooir de Spanjaarden meegenomen Capsicum annuum. De Portugezen plantten chilipepers in hun Afrikaanse kolonies Angola en Mozambique, en ontwikkelden in Portugal een eigen chilipeper, de Pernambuco, en brachten deze en variëteiten erop zelfs naar het peperland bij uitstek, India.
De chilipeper veroverde Europa vanuit het westen via de Habsburgse hoven en kloosters, en vanuit het oosten, vanuit Turkije. Karel V, die gelinkt is aan het klooster van Ñora zou de Spaanse peper vanuit La Ñora in Hongarije geïntroduceerd hebben. In het Moravische (nu Tjechische) Brno zouden al in 1585 grote chiliplantages geweest zijn. Ook Engeland liet zich niet onbetuigd, naar zeggen met op Spaanse schepen buitgemaakte chilipepers.
De Mexicaanse variëteiten die de Spanjaarden aantroffen, aardden goed in het gematigde Europa en het Midden-Oosten. Een halve eeuw na de aankomst in Europa werden zij reeds geteeld op de kusten van Afrika en in India, in moesson-Azië en Zuidwest-China, en op de Balkan, in Midden-Europa en in Italië. In Italië in 1533, in Duitsland in 1542, in Engeland in 1548, en in Hongarije in 1526, onbevestigd.
Spanje was onbetwist de bakermat van de 'Europese' chilipeper, merendeels chilipepers van het geslacht Capsicum annuum, en de Spaanse peper synoniem voor een groep chilipepers van hele milde (zelfs zonder de scherpe stof capsa&ium;cum) tot aangenaam scherpe pepers. Vreemd genoeg wordt de Spaanse peper geassocieerd met de scherp gepunte peper, terwijl veel Spaanse pepers - pimiento genoemd - eerder stomp of bol zijn, zoals de padró of de morról;n.
Nicolás Monarde, een natuurkundige en botanicus uit de zestiende eeuw uit Sevilla, hemelde de chilipeper op: "Ik wil niet nalaten te zeggen dat de peper die zij uit Indië meebrengen niet alleen nuttig is voor de geneeskunde, die in heel Spanje bekend is, want er is geen tuin of boomgaard of bloempot waar hij niet in geplant is. tuin of boomgaard of bloempot waarin het niet gezaaid is vanwege de schoonheid van de vrucht die het draagt". "Ze gebruiken ze in alle stoofpotten en eenpansgerechten omdat ze beter smaken dan gewone peper. In plakjes gesneden en in bouillon gegoten, geven ze een uitstekende saus. Ze verschillen in die zin van de aromatische specerijen die ze meebrengen uit Maluco en Calicut, dat die uit het oosten vele dukaten kosten. De anderen kosten niet meer dan zaaien, want in één plant zitten specerijen voor het hele jaar. [. . .] Ze zijn zeer troostend, ze lossen winderigheid op, ze zijn goed voor de borst en voor de koude gelaatskleur, zij verwarmen en troosten en houden de ledematen soepel"
De geschiedenis van de Spaanse chilipeper verklaart hoe is ontstaan dat de ronde bola-variëteit (Capsicum annum L.) in Murcia wordt verbouwd en de dunne, langwerpige ocal-variëteit (Capsicum longum L.) in La Vera.
Op 21 april 2014 zijn de resultaten van de studie bekend gemaakt in de Proceedings of the National Academy of Sciences: "Multiple lines of evidence for the origin of domesticated chili pepper, Capsicum annuum, in Mexico. Een studie uitgevoerd door een team onderzoekers afkomstig van verscheidene universiteiten, onder leiding van Kraig Kraft.
Zij vonden sporen van uit het wild geplukte chili's in de Coxcatlán grot in de Vallei van Tehuacán en in de Guilá Naquitz grot in de Oaxaca vallei. Beide duiden op een periode van meer dan 8.000 jaar geleden. De oudste sporen van gedomesticeerde chilipeper dateren uit het warme midden-holoceen en zijn 6.000 à 6.500 jaar oud.
Spanje wordt beschouwd als een secundair centrum van diversiteit voor de Capsicum annuum, die voornamelijk uit Mexico naar Europa werd meegenomen. De Spaanse telers kunnen bogen op een proces van meer dan vijfhonderd jaar selectie, uitgevoerd door generaties boeren, resulterend in een overvloed aan ecotypes, aangepast aan de lokale omstandigheden. Landrassen, waarvan er vele nog steeds worden geteeld.
Columbus' expeditie zette voet op een eilandengroep in de Caribische zee nabij Cuba, het huidige Santa Domingo, dat hij Hispaniola (La Española) noemde. Daar leefden de Taíno, die de expeditie naar zeggen hartelijk ontvingen. Zij lieten Columbus kennis maken met de chiliplant, waarvan zij een poeder maakten. Hij beschouwde dat als 'rode peper', dat wil zeggen met alle kenmerken van zwarte peper maar dan vuurrood. Om die reden noemde hij het Pimiento , oftewel 'pigment', afgeleid van het latijnse 'pigmentum'
In de Spaanse taal doelt men met pimiento, pimento of pemento op de vrucht en met pimentón op het poeder. De term pimienta wordt gebruikt voor alle typen chilipeper, ongeacht hun scherpte, ongeacht hun vorm ook. Het vrouwelijke pimienta gebruikt men niet alleen voor die andere pepers, de Piperacea, ook voor piment (la pimienta de Jamaica) en szechuan peper (la pimienta de Sichuán).