Dit enige inheemse tamme varken stamde af van het Ryūkyū-zwijn. Het werd gehouden op Kyūshu. Alle tamme varkens in Japan zijn sindsdien geïntroduceerd, en worden 'eilandvarkens' of shimabuta 島豚 genoemd. Buta is het Japanse woord voor varken. Varkensvlees wordt 'butaniku' genoemd.
Het inheemse varken was een gedomesticeerd Ryūkyū zwijn, Sus scrofa riukiuanus, een wild zwijn dat nergens ter wereld behalve op de Ryūkyū-eilanden voor komt, en niet gelieerd is aan het Aziatisch wild zwijn, een prominent dier voor de wereldwijde domesticatie van het varken. De archeologische vondsten zijn afkomstig van een twaalftal locaties verspreid over de Ryūkyū-eilanden. In andere delen van Japan leeft de Sus scrofa leucomystax, het Japanse wild zwijn, dat in tegenstelling tot de Sus scrofa riukiuanus, wel verwant is aan de Aziatisch wild zwijn, maar niet gedomesticeerd is. Het komt in alle delen van Japan voor, behalve op de Ryūkyū-eilanden en Hokkaido.
In Japan jaagt men van oudsher op allerlei soorten dieren, ook op wild zwijnen. Men at graag vlees (en vis) ook tot het eten van vlees voor het eerst in de Japanse geschiedenis van bovenaf taboe werd verklaard. Met de introductie van het Boedhisme in de zesde eeuw en de benoeming van het Boedhisme tot nationale godsdienst werd de Japannner vegetariër. De periode waarin dit speelde was van 710 tot 784, tijdens de Nara-periode. Vlees van gedomesticeerde dieren was sowieso verboden, maar de jacht werd oogluikend toegestaan, en het eten van wild ook.
Vanaf die tijd was het wisselend aan en uit met het eten van vlees. Tijdens de Kamakura periode van 1185-1333 werd het eten van vlees verboden. Daarbij werd het eten van vlees van viervoetigen als het ergst van alles beschouwd, maar ook gevogelte en vis werden in de ban gedaan.
De krijgsheren van Satsuma in Kyūshū in de 16e eeuw hadden daar moeite mee, en roeiden tegen de stroom in door het varken aan te wijzen als een waardevolle voedingsbron. Ze noemden het varken zelfs 'wandelende groente'. De heren van Shiazu lieten daarop varkens uit het buitenland komen, de voorlopers van de huidige Okinawa-varkens, deAgū, Ayoh en Amami. Wanneer er Chinese delegaties in Okinawa, het op het grootste eiland van Ryūkyū werden ontvangen, liet men varkensvlees uit Kyūshū over komen.
Tijdens de Edo-periode (1603-1868) werd het eten van varkensvlees wederom oogluikend toegestaan, onder het mom van een medicijn te zijn. In de periode daarop werd het eten van vlees zelfs van hogerhand gepropageerd. Men spiegelde zich aan het westen en was er van overtuigd dat door het overnemen van de eetgewoonten van westerlingen (vlees en zuivel) de Japanner even lang en sterk zou kunnen worden. Het eten van vlees ws eigenlijk meer een plicht geworden dan een voorrecht.
Vanaf die tijd nam de consumptie van alle soorten vlees, ook varkensvlees, in rap tempo toe, en ontwikkelde Japan een diverse en redelijk sterke vleessector. Tot de Tweede wereldoorlog. Die brak af wat daarvoor was opgebouwd.
Direct na afloop van de oorlog werd een herstelprogramma ingezet om snel terug te keren naar de situatie van voor de oorlog. Begonnen werd met het bouwen van stallen bij huizen en primitieve slachterijen. Voor de oorlog wist iedere man hoe je een varken moest slachten, en wist iedere vrouw hoe je ingewanden moest bereiden, ook de maag. Die know-how zou goed van pas kunnen komen bij een snel herstel van varkenshouderij.
In de jaren daarna zie een gestage groei van het aantal varkens per huishoudens en de ontwikkeling van een professionele varkenssector. Parallel daaraan steeg ook de consumptie doordat de bewoners zich in hun nieuwe rol van consument voegden. De professionele varkenshouders, vaak ook zoete aardappelen verbouwden om als varkensvoer te verhandelen, konden zich nuop de varkens gaan concentreren
Op dit moment maakt de varkenssector ruim 20% van de totale vleesindustrie uit en behoort tot de tien grootste varkensvlees producerende landen in de wereld, met 1,3 miljoen ton varkensvlees per jaar. De binnenlandse consumptie bedraagt de dubbele hoeveelheid. Daarmee kan de sector bij lange na niet aan de binnenlandse vraag voldoen. Jaarlijks importeert Japan grote hoeveelheden vlees, vooral uit de Verenigde Staten. In de komende tijd moet blijken of Europa met haar FTA-handelsakkoord een serieuze concurrent voor de VS kan worden, met Denemarken voorop, dat eveneens het Japanse snit gebruikt.