De belangrijkste ontdekkingen dateren van de negentiende eeuw, en zijn verbonden aan grote namen als Theodor Schwann, Justus von Liebig, Louis Pasteur en Wilhelm Kühne. Heel belangrijk is het baanbrekend werk van de Japanner Jokichi Takamine geweest, die er in slaagde het verteringsenzym amylase te isoleren uit de Aspergillus oryzae. Zestig jaar daarvoor was een Frans chemicus Anselme Payen er al in geslaagd amalyse te isoleren, maar dan uit een moutoplossing.
Fermentatie kan niet zonder micro-organismen; het toevoegen van enzymen zonder micro-organismen heet hydrolyse. Fermentatie gebeurt zowel in aanwezigheid van zuurstof als in afwezigheid van zuurstof (aeroob of anaeroob). Fermentatie draait in belangrijke mate om de omzetting van suikers, zoals de omzetting van sucrose (C6H12O6) in ethanol (C2H5OH) en kooldioxide (CO2), een proces dat gisting wordt genoemd. Een andere vorm van fermentatie is de omzetting van sucrose in melkzuur, de kern van het bereiden van yoghurt en kaas.
De micro-organismen die bij de fermentatie betrokken zijn, zijn eencelligen uit het koninkrijk van de Fungi, waartoe ook het geslacht Candida behoort. Een belangrijk geslacht is dat van de Aspergillus dat ruim 200 schimmelsoorten omvat, die van nature in hooi en stro voor komen. Sommige aspergillus-soorten zijn van groot commercieel belang in fermentatieprocessen, zoals de Aspergillus oryzae, die enzymen in rijst en andere granen activeert om zetmeel in eenvoudige suikers om te zetten, de Aspergillus niger, die wordt gebruikt voor de fabricage van citroenzuur (E330) uit suikers.
De Lactobacillus wordt niet alleen gebruikt in de zuivelindustrie (yoghurt, boter, zure room, kaas), maar ook voor het fermenteren van groenten, zoals zuurkool, volgens de droge methode met zout. De Leucocostonoc mesenteroides is niet alleen belangrijk bij de opstart van het fermenteren van kool, maar speelt ook een belangrijke rol bij het maken van pickles, de natte methode met zout, die onder meer wordt toegepast op augurken.
Over de hele wereld worden naar schatting 5.000 meer en minder bekende voedselproducten en dranken door fermentatie gemaakt, uit groenten, granen , vlees, vis en zuivel. De bekendste daarvan zijn wijn, bier, koffie, thee, azijn, maar ook olijven, cacao en sojasaus. Maar het allerbelangrijkste product is onbetiwst brood. Men schat dat het gerezen brood 10.000 jaar gelden is ontstaan en dus behoort tot de oudste producten waarbij fermentatie een rol speelt.
Ook in andere delen van de wereld wordt fermentatie al lang toegepast, in Egypte en Babylon sinds 3.000 jaar voor Christus, in Zuid-Amerika (Mexico) sinds 2.000 voor Christus en in Afrika (Soedan) sinds 1.500 voor Christus. Vaak werd fermentatie toegepast voor de bereiding van alcoholische drank, de bereiding van wijn bijvoorbeeld is 3.000 jaar voor Christus de eerste fermentatie-toepassing in Mesopotamië geweest. Vaak was de belangrijkste reden de verlenging van de houdbaarheid van producten, vaak speelde toeval een rol, zoals sojasaus het toevallige resultaat is van de bereiding van jiàng.
Eén van de eerste geschriften waarin het inmaken van groenten wordt benoemd is het gedicht Xin Nan Shan dat deel uit maakt van het Boek der Odes, Shi Jing, waarin de volgende passage het pekelen van groente (gourd in dit geval) specifiek wordt genoemd:
信南山
中田有廬、
疆場有瓜。
是剝是菹、
獻之皇祖。
曾孫壽考、
受天之祜。
In the midst of the fields are the huts,
And along the bounding divisions are gourds.
The fruit is sliced and pickled,
To be presented to our great ancestors,
That their distant descendant may have long life,
And receive the blessing of Heaven.
De Romeinen gebruikten de pekeltechniek onder meer voor de bereiding van hun vissaus, garum of liquamen genoemd. De Romeinen gebruikten het bij iedere maaltijd. De bereiding was bewerkelijk en nam 2 tot 3 maanden in beslag. Als basis werden ingewanden en afval van makreel of tonijn gebruikt, waaraan ruim zout werd toegevoegd, waarna het mengsel moest gisten. In de Byzantijnse tijd werd er ook wijn aan toegevoegd. De bovenste vloeibare laag van het eindproduct was in die tijd het meest begeerd en duurst.
In de tijd van de VOC (Verenigde Oost-Indische Compagnie) werd de pekeltechniek gebruikt om varkens- en rundvlees houdbaar te maken voor de lange zeereis. Eerder ontwikkelden de Denen al de techniek om vis te bewaren, waarbij de ingewanden verwijderd werden, om ze daarna te pekelen. Een techniek die nog altijd wordt toegepast bij het maken van maatjesharing.
De eerste fundamentele studies naar de werking van fermentatieprocessen, werden in de negentiende eeuw uitgevoerd op gist, dat gebruikt werd in basisvoedsel (brood) en in bier. In de negentiende eeuw werden grote ontdekkingen gedaan door Theodor Schwann, Justus von Liebig, Louis Pasteur en Wilhelm Kühne op het gebied van fermentatie, zoals de ontdekking van de bacteriën rond 1840.
De bevindingen waren niet eenduidig. Justus von Liebig was van mening dat fermentatie het gevolg was van een chemisch proces, en dat de aanwezigheid van gist niet per se nodig is. Pasteur (1822-1895) daarentegen ging ervan uit dat de aanwezigheid van micro-organismen essentieel is voor het fermentatieproces. Hij toonde aan dat bacteriën het verzuren van melk veroorzaakten. Hij definieerde fermentatie (naar later bleek ten onrechte) als 'leven zonder lucht'.
Pas aan het einde van de negentiende eeuw ontstond het inzicht op wèlke wijze fermentatie plaats vond, hoe micro-organismen de enzymen vormen, die voor de fermentatie zorgen. In 1891 kreeg de Japanse chemicus Jokichi Takamine patent op een fermentatiemethode, waarbij uit Aspergillus oryzae amylase werd geïsoleerd. Deze fermentatiemethode wordt tot op de dag van vandaag toegepast bij de bereiding van bepaalde enzymen. Eduard Buechner, een Duits chemicus, kreeg voor zijn baanbrekende studies naar ongeorganiseerde fermenten en de ontdekking van enzymen in 1907 de Nobelprijs.
Het uitsluitend toevoegen van enzymen, d.w.z. zonder het enzymproducerende micro-organisme, wordt gezien als een hydrolyse maar niet als fermentatie.
Het woord fermentatie is afgeleid van het Latijnse werkwoord fervere wat 'aan de kook (bruisen)' betekent. Het woord werd waarschijnlijk voor het eerst gebruikt in de late veertiende eeuw in de alchemie. Pas in de 17e eeuw werd het gebruikt in de huidige betekenis.
De Chinese term is fājiào, de benaming van de enzymatische bruinkleuring die verantwoordelijk is voor de kleuring van Oolong en andere zwarte thee.