Een bijzondere vorm van masa harina is nixtamal, een kleverig deeg dat gemalen is van op een speciale manier voorbewerkte droge maïkorrels. Het proces dat daarvoor gebruikt wordt heet nixtamalisatie en bestaat uit het koken en weken van droge maïskorrels in nejayote, een oplossing van calciumhydroxide in water.
Dit proces bewerkstelligt dat de dunne, buitenste laag van de graankorrel (het pericarp), gemakkelijk verwijderd kan worden, terwijl het binnenste van de korrel (endocarp) gelatineus zacht wordt. Voor de Azteken betekende dat, dat ze de korrel gemakkelijker konden vijzelen. Ze gebruikten daarvoor een handvijzel.
De techniek is al 3.500 jaar oud, en hoewel niet meer strikt nodig - de technieken om maïs te malen zijn natuurlijk sterk verbeterd sindsdien- wordt maïs, onder meer om de smaak nog altijd genixtamaliseerd. Mede om die reden zal een recept altijd expliciet vermelden of deze gemaakt wordt met de moderne masa harina of met nixtamal. Gerechten waarin nixtamal sowieso wordt gebruikt zijn de traditionele Azteecse atole, een papsoort, de Mexicaanse pozole, een soep, en Salvadoraanse pupusa's, een soort tortilla. Ook de betere Mexicaanse tortilla's worden met nixtamal gemaakt.
Masa harina is in Nederland zelfs in de gewone supermarkt te verkrijgen, bovendien in biologische vorm. Een bekend merk is Pan, dat zowel de witte als de gele masa voert.