Lycopeen is daarnaast een natuurlijk pigment, dat door planten en micro-organismen wordt gesynthetiseerd, maar niet door dieren. Vruchten met een hoog gehalte aan lycopeen zijn rode vruchten, tomaten, watermeloenen, roze pompoenen en grapefruits, abrikozen, rozebottels, en roze guaves
Hartsen ontdekte de stof in 1873 in giftige zwarte bryoni bessen (Tamus communis), maar slaagde er niet in het te isoleren. Millardet slaagde er in 1876 niet in het uit tomaten te isoleren en te onderscheiden van andere carotenen. Hij gaf het wel een naam: soanorubin. Schunk lukte het in 1903 wel in de zuivere caroteno¨de uit tomaten isoleren en presenteerde zijn resultaten en de door hem bedachte naam lycopeen voor de Royal Society of London. Hij noemde het naar de tomaat (Solanum lycopersicum) waaruit hij het isoleerde. Willstaller en Escher legden enkele jaren later (in 1910) de chemische formule C40H56 vast.
Lycopeen is een caroteen, omdat het een alleen uit kool- en waterstofatomen bestaat. Het is echter géén precursor voor vitamine A, omdat het de terminale b-ionische ring mist die in de kernstructuur van vitamine A voorkomt.
Lycopeen is in vet oplosbaar, maar niet in water, reden waarom tomaten bijvoorbeeld niet ontkleuren wanneer ze in water gekookt worden. De rode kleur dankt lycopeen aan geconjugeerde koolstof-koolstof covalente dubbele bindingen, elf in getal. Zulke bindingen zorgen voor de rood- of bathochroomverschuiving, een verschuiving naar een lagere energietoestand met een langere golflengte. Lycopeen lijkt daardoor rood-oranje. een verschuiving in andere richting, naar hogere energie of een kortere golflengte, wordt blauw- of hypsochrromverschuiving genoemd.
Lycopeen komt onder meer in onderstaande vruchten (en wortels) voor:
In de meeste onderzoeken naar lycopeen wordt de peen niet aangestipt als bron. Toch kan rode peen 6 mg lycopeen per 100 gram bevatten. In verse rode tomaat zit 3-7,7 mg/100 gram, in tomatenpuree 20-30 mg per 100 ml puree. Van de zoete vruchten scoort de roze guave het hoogst, met 5,4 mg, gevolgd door watermeloen met 4,1 mg en roze grapefruit met 3,4 mg. Een zeer bescheiden hoeveelheid wordt aangetroffen in abrikozen en rode chilipepers.
De lycopeenconcentratie varieert per type tomaat. Zo bevatten gele tomaten niet of nauwelijks lycopeen, maar bevatten donkerrode en donkergroene tomaten tot wel het drievoudige van de traditionele rode tomaat.Bij poeen doet zich hetzelfde voor, de concentraties in rode en paarse peen zijn hoger dan die in orenje of witte peen.
Lycopeen wordt als kleurstof gebruikt. Mits van natuurlijke oorsprong (bijvoorbeeld uit tomaten verkregen) mag het in de voedingsindustrie gebruikt worden onder het E-nummer E160d. Je vindt het onder meer in veel tomatensoepen.
Omdat de mens zelf geen lycopeen aan maakt, synthetiseert, is voeding de enige bron. In tegenstelling tot andere carotenoïden komt lycopeen maar in een gering aantal voedingsmiddelen voor. De belangrijkste bron - tot wel 85% - is tomaat en van tomaat gemaakte producten.
Lycoeen wordt opgeslagen in ons bloed en ons weefsel. In menselijk plasma is het overgrote deel van daar aanwezige carotenen lycopeen. Het wordt aangetroffen in uiteenlopende weefsels, lever, prostaatklier, vetweefsel, huid, longen en dikke darm. Overal heeft lycopeen de overhand. In Zuid-Europa, vooral Zuid-Italië, is de hoeveelheid lycopeen in bloed en weefsel aanzienlijk meer dan in Noord-Europa. Het voedingspatroon is daar debet aan.
De biologische beschikbaarheid van lycopeen (en carotenoïde) neemt af naarmate je er meer van in neemt. dat betekent dat wanner je lycopeen in neemt in de vorm van een hoge dosis tomatensap, je slechts marginaal meer lycopeen absorbeert als wanneer je er een eetlepel van in neemt.