Het enzym is ontdekt in champignons, maar komt in vrijwel iedere plant voor. Maar ook voor in dieren, met name insecten en schaaldieren waarin het enzym zorgt voor een hogere resistentie tegen ziektes. Bij de aanwezigheid van zuurstof katalyseert het enzym de eerste stap in de biochemische omzetting van fenolen in o-chinonen. Door verdere polymerisatie worden donkere, onoplosbare polymeren gevormd: melanines, die we onder meer kennen als de bruinkleuring van appels en bananen.
Melanine vormt barrières en heeft enkele antimicrobiële eigenschappen die de verspreiding van infecties door kneuzingen in het plantweefsel tegengaat.
De katalysatie kent twee reacties: de 0-hydroxylering van monofenolen tot o-difenolen en de oxydatie o-difenolen tot o-chinonen. Voor beide reacties is zuurstof nodig en bovendien een noch zure, noch basische omgeving (pH<8 en >5). Het tegengaan van bruinkleuring in appels met citroen- of ananassap is een voorbeeld van het inactiveren van de PPO in een zure omgeving.
Het enzym kan bovendien geïnactiveerd worden door blancheren. Hierop is het blancheren van groenten alvorens ze in te vriezen gebaseerd. Blancheren helpt dus ook tegen de bruinkleuring van fruit.
Dat bepaalde appels minder gevoelig zijn voor bruinkleuring dan andere appels komt voort uit het natuurlijk gehalte aan polyfenoloxidase. De Granny Smith is een voorbeeld van een PPO-arme appel.
Methoden om het enzym tijdelijk te remmen, zijn: dehydratie, het PPO-enzym heeft voldoende water nodig voor de reactie, en invriezen. In beide gevallen wordt het enzym wel geremd, maar niet uitgeschakeld.
Bij de productie van witte wijn spelen polyfenoloxidase en craftaarzuur een belangrijke rol. Beide zijn verantwoordelijk voor het bruinen van wijn, naar analogie van de bruinkleuring van fruit en groenten. Hierbij is ook een ander enzym betrokken, peroxidase (POD). Het werkt bij witte wijn, en niet bij rode wijn dat anthocyaniden bevat, die er met de tannines toe bij dragen dat de rode kleur behouden wordt.