Eiwitten zijn lange, in elkaar verstrengelde strengen, die elkaar afstoten omdat ze aan de buitenzijde negatief geladen zijn. Daardoor is rauw eiwit transparant.
Eiwitten zijn opgebouwd α-aminozuren, de bouwstenen van het eiwit, met de formule R-CH-NH2-COOH, met aan het ene uiteinde een carboxygroep (COOH) en aan de andere zijde een aminegroep (NH2). Onder afsplitsing van water reageert de carboxygroep van het ene molecuul met de aminegroep van een ander molecuul, waardoor een amide wordt gevormd. De binding van beide moleculen wordt peptidebinding genoemd. Deze amide heeft net als het aminozuur een uiteinde met een carboxygroep en een uiteinde met een amine.
Door herhaalde kop-staart-reacties worden complexe structuren gevormd, die peptiden worden genoemd, en die naar het aantal erbij betrokken aminozuren di-, tri, tetra- enzovoort -peptiden worden genoemd. Een eiwit is zo'n polypeptide, met een lengte van honderd tot duizenden aminozuren..
De R in de formule van het α-aminzuur is bepalend voor de oplosbaarheid van het aminozuur. De R staat voor Residugroep, en is de zijketen van het aminozuur die bepaalt hoe het aminozuur zich gedraagt, binnen het eiwit en ten opzichte van andere eiwitten. Alanine en isoleucine bijvoorbeeld zijn waterafstotend (hydrofoob).